ウナギは高タンパクで消化も良く、日本料理の食材としても重要で、鰻屋と呼ばれるウナギ料理の専門店も多い。

皮に生息地の水の臭いやエサの臭いが残っているため、天然、養殖を問わずきれいな水に1日～2日入れて、臭みを抜いたものを料理する。泥抜き・臭み抜きと呼ばれる。

夏バテを防ぐためにウナギを食べる習慣は、日本では大変古く、『万葉集』にまでその痕跡をさかのぼる。

徳川家康の時代に江戸を開発した際、干拓によって多くの泥炭湿地が出来、そこに鰻が住み着くようになったため鰻は労働者の食べ物となったが、当時は蒲焼の文字通り、蒲の穂のようにぶつ切りにした鰻を串に刺して焼いただけ、という食べ方で、雑魚扱いだった。

鰻が現在のような形で一般に食べられるようになったのは江戸時代後期からで、特に蒲焼は江戸発祥の料理であることから、江戸の代表的食物とされる。

蕎麦ほど徹底した美学はないものの、「鰻屋でせかすのは野暮」（注文があってから一つひとつ裂いて焼くために時間がかかる）、「蒲焼が出てくるまでは新香で酒を飲む」（白焼きなどを取って間をつなぐのは邪道。したがって鰻屋は新香に気を遣うものとされた）など、江戸っ子にとっては一家言ある食べ物である。

ちなみに土用の丑の日や夏バテ予防に食べられるが、ウナギの旬は冬眠に備えて身に養分を貯える晩秋から初冬にかけての時期で、秋から春に比べても夏のものは味が落ちる。

また古くから、鰻と梅干は食い合わせが悪いとされる。これは食禁の代表的な例として挙げられることが多いが、貝原益軒の『養生訓』にも記載がなく、江戸時代中期以降に広まった日本固有の俗信と考えられる。